Powojenne procesy członków oddziału Martin Weiss, niemiecki dowódca Ypatingasis būrys, został po wojnie zatrzymany w Niemczech Zachodnich. Jego proces rozpoczął się 25 stycznia 1950 roku przed sądem krajowym w Würzburgu. Weiss został uznany winnym zamordowania siedmiu osób i pomocnictwa przy zabiciu 30 tys. osób w Ponarach. Wyrokiem z 3 lutego 1950 roku skazano go na karę dożywotniego pozbawienia wolności. W 1977 roku został w drodze łaski zwolniony z więzienia.
22 członków Ypatingasis būrys zostało skazanych przez trybunały sowieckie. Pierwszy z nich, Bronislavas Želvis, został osądzony we wrześniu 1944 roku. Ostatni, Vincas Sausaitis, w lutym 1978 roku. Trzynastu policjantów skazano na karę śmierci, pozostali usłyszeli wyroki od 10 do 25 lat obozu pracy. Jednym ze skazanych był ostatni litewski dowódca oddziału, Jonas Tumas, któremu w 1950 roku wymierzono karę 25 lat obozu pracy. W kilku wypadkach członkowie oddziału zostali osądzeni dwukrotnie; najpierw ukarano ich za pomocnictwo w zbrodni, a później wymierzono znacznie surowsze wyroki, gdy wyszło na jaw, że osobiście dokonywali mordów.