W 1783 roku Sątopy składały się z 49 domów. W połowie XIX wieku do miejscowej parafii należały wsie: Koprzywnik, Nisko, Świdrówka, Tarniny, Wojkowo.
28 sierpnia 1914 r. Rosyjscy żołnierze podczas I wojny światowej wycofujący się po klęsce pod Tannenbergiem w zemście rabowali i palili napotkane miejscowości. W Sątopach w pobliżu gospody stojącej niegdyś u podnóża wzgórza kościelnego kozacy rozstrzelali 16 cywilów – mieszkańców Sątop, Warpun, Wojkowa i nauczyciela gimnazjum z Reszla. Tego samego dnia zastrzelono też proboszcza parafii w Sątopach Wernera. Jego ciało pochowano jednak w innym niż pozostałych miejscu. Masowy grób na cmentarzu parafialnym w Sątopach nie był pierwotnym miejscem pochówku rozstrzelanych mieszkańców. Pierwotnie cywilów pochowano w jednym z ogrodów we wsi, w masowym grobie, który oznaczono roślinami ułożonymi w kształt Żelaznego Krzyża. Dopiero po upływie kilku lat szczątki ekshumowano i przeniesiono na cmentarz.
Po II wojnie światowej Po II wojnie światowej kościół w Sątopach był kościołem filialnym parafii w Unikowie, a obecnie jest samodzielną parafią.
W latach 1975–1998 miejscowość położona była w województwie olsztyńskim. Wieś w czasach PRL była chłopską enklawą na pegerowskich terenach.
Szkolnictwo We wsi znajduje się Szkoła Podstawowa im.