W czasie wojny ukończył podchorążówkę ZWZ-AK, wykonywał w Warszawie zadania wywiadowcze dla AK (obserwacja „folksdojczów” itp.). Zetknął się ze środowiskiem ruchu Zadruga i został jej członkiem, przyjmując imię „Władybor”. Był też członkiem Stronnictwa Zrywu Narodowego i brał udział w kolportażu pisma „Zryw” – organu tej partii.

Okres powojenny Po II wojnie światowej Czesław Marchaj miał zablokowany dostęp do instytucji i organizacji związanych z lotnictwem, ze względu na podejrzenia władz o nieprzychylność dla ustroju PRL. Związał się wtedy z żeglarstwem, jako dziedziną najbliższą lotnictwu i aerodynamice. Pracował m.in. jako dziennikarz tygodnika „Wieś”. W 1949 roku został aresztowany za próbę ucieczki do Szwecji, tj. nielegalnego przekroczenia granicy, i przebywał w areszcie przez półtora roku, do czerwca 1951 roku. Orzeczoną dodatkowo karę grzywny obniżono w 1953 roku na mocy amnestiiPostanowienie Prokuratora Wojewódzkiego w Gdańsku z dnia 15 stycznia 1953 r., sygn. akt W 1715/51.