Ślady nieistniejącego cmentarza przykościelnego widoczne były jeszcze w okresie międzywojennymFranciszek Galiński: Gawędy o Warszawie, dz. cyt., s. 310..
Historia Pierwszy kościół powstał z fundacji króla Zygmunta III Wazy jako sanktuarium dziękczynne za zdobycie Smoleńska 13 czerwca 1611. Data tego wydarzenia łączyła się z wyborem patrona kościoła w osobie Antoniego z Padwy. Budowę świątyni (początkowo drewnianej)Marian M. Drozdowski, Andrzej Zahorski: Historia Warszawy. Warszawa, PWN, 1972, s. 56. zainicjowano w obecności monarchy 4 października 1623. Została ona powierzona zakonowi franciszkanów reformatów, sprowadzonych przez króla w 1623. Nową świątynię konsekrował 13 sierpnia 1635 wrocławski biskup Jan Baltazar Liesch. Powstała na niezabudowanym w tamtym czasie przedmieściu Warszawy.
W 1657 podczas potopu szwedzkiego klasztor wraz z kościołem uległ całkowitemu zniszczeniu dokonanemu przez wojska sprzymierzonego ze Szwedami Jerzego Rakoczego.