Niedługo potem podjął pracę w kancelarii biskupa Andrzeja Stanisława Młodziejewskiego, następnie przeszedł do Komisji Skarbowej, by nieco później trafić do domu handlowego Prota Potockiego w Chersoniu (do 1793).
Od roku 1806 był profesorem fizyki w Liceum Warszawskim. W latach 1806–1814 współpracował z Samuelem Bogumiłem Linde autorem pierwszego nowoczesnego Słownika języka polskiego. Uczestniczył w pracach nad tym dziełem zbierając materiał językowy czerpany z mowy potocznej używanej w warszawskich warsztatach rzemieślniczych. Linde wymienia go jako współpracownika we wstępie do pierwszego tomu swojego słownika.
Prowadził obserwacje meteorologiczne i hydrometeorologiczne. W roku 1833 ukończył pisanie pamiętnika pt. Estetyka miasta stołecznego Warszawy, będącego obrazem życia obyczajowego, kulturalnego i literackiego stolicy.
Członek czynny Towarzystwa Królewskiego Przyjaciół Nauk w Warszawie w 1829 rokuLista imienna członków Towarzystwa Królewskiego Przyjaciół Nauk w Warszawie w styczniu 1829 roku, [Warszawa], , s. 4..
Pochowany na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (kwatera 8-1-11).
Upamiętnienie W styczniu 1892 roku posiedzenie ogólne Koła Uczonych Warszawskich pod przewodnictwem profesora Adama Kitajewskiego przyznało Antoniemu Magierowi medal zasługi za wieloletnie prace naukowe.