Trzykrotnie był dziekanem (1837–1841; 1845–1849; 1854–1858), a w latach 1854–1860 (z krótkimi przerwami) – rektorem uniwersytetu. Jednocześnie od 1844 r. był dyrektorem i wykładowcą w liceum kazańskim oraz okresowo inspektorem szkolnictwa w guberni. W roku 1846 otrzymał główną nagrodę naukową Rosji – Nagrodę Demidowa.
W roku 1862 powrócił do Polski. W latach 1862–1878 był wykładowcą historii na Cesarskim Uniwersytecie Warszawskim (do 1869 pod nazwą Szkoła Główna). Był jednym z autorów haseł do 28 tomowej Encyklopedii Powszechnej Orgelbranda z lat 1859–1868. Jego nazwisko wymienione jest w I tomie z 1859 roku na liście twórców zawartości tej encyklopedii„Encyklopedia Powszechna”, tom I, wyd. Samuel Orgelbrand, Warszawa, 1859.. W związku z bardzo ugodową postawą wobec władz carskich i nieuczestniczeniem w powstaniu styczniowym piastował od 1862 do 1878 stanowisko dziekana wydziału filologiczno-historycznego, akceptując rusyfikację uczelni. Za działalność naukową otrzymał Order Świętego Stanisława, Order Świętej Anny pierwszej klasy, Order św. Włodzimierza drugiej klasy oraz członkostwo towarzystw naukowych Rosji, Wilna, Paryża, Danii. Nazwiskiem Kowalewskiego nazwano szczyt (3903 m n.p.m.) w górach Tawan Bogd w Mongolii.