Po agresji Niemiec i ZSRR na Polskę i okupacji terytorium kraju, włączył się natychmiast jesienią 1939 roku do konspiracji, jako współorganizator i jeden z przywódców Narodowo-Ludowej Organizacji Wojskowej, będącej odłamem Stronnictwa Narodowego.
W 1941 powrócił wraz z całą NLOW do organizacji Stronnictwa. Po rozmowach prowadzonych w 1943 z Januszem Kornasem, Władysławem Furką, Zygmuntem Zagórowskim i Januszem Gorczykowskim utworzona została jednolita organizacja Młodzieży Wszechpolskej (MW). Na początku 1944 w Warszawie odtworzył w konspiracji Młodzież Wszechpolską, na czele której stanął; także jako redaktor konspiracyjnego pisma „Wszechpolak”. Jego Chorągiew Warszawska MW, której przewodniczył, liczyła 125 członków. Podczas okupacji niemieckiej i po wojnie wydawał czasopismo „Wszechpolaka”, które ukazywało się do czasu aresztowania Łabędzkiego.