Sam marsz, jak i udział w nim Hartmana w roli centralnej postaci skazańca wywołał polemiki zarówno ze strony katolików, jak i ateistów. Głos zabrała m.in. Krystyna Pawłowicz, odmawiając ateistom prawa do urządzania przemarszów „w centrum stolicy Polski”. Z kolei ateiści jak Marcin Meller i Marcin Celiński zarzucili organizatorom i Hartmanowi kompromitowanie idei ateizmu poprzez jego publiczne manifestowanie w sposób ich zdaniem obraźliwy dla katolików. Na ataki odpowiedzieli Jan Hartman, Nina Sankari oraz Jacek Tabisz, uzasadniając prawo ateistów do manifestowania swoich poglądów. Polemiki te odbiły się echem w mediach.
W październiku 2025 roku, podczas wojny Izraela z Hamasem, w mediach społecznościowych skomentował zatrzymanie międzynarodowej misji humanitarnej płynącej do Strefy Gazy z udziałem m.in. posła Franciszka Sterczewskiego słowami, w których życzył „polskim nazistom z hamasowskich kutrów”, by byli „sądzeni i ukarani w Izraelu”. Redakcja tygodnika „Polityka”, dla której pisał Hartman, odcięła się od jego słów i zawiesiła z nim współpracę na sześć tygodni.