Wielka Nizina Węgierska stanowi ogromną równinę, opadającą z północy na południe, od (przeciętnie) 120 m n.p.m. do 80 m n.p.m. Nie znaczy to, że jest to kraina zupełnie płaska – różnice wysokości względnej wynoszą kilkadziesiąt metrów. Do wyżej położonych regionów zaliczają się Międzyrzecze Dunaju i Cisy oraz wysoczyzna Nyírség (wzgórze Hoportyó – 183 m n.p.m.). Na południu, między Drawą i Dunajem a Sawą, leżą izolowane pasma panońskich gór wyspowych, sięgające ponad 1000 m n.p.m.
Podobnie jak cała Kotlina Panońska, Nizina jest pochodzenia aluwialnego. Jej obecna rzeźba została ukształtowana przez przecinające ją wielkie rzeki: Dunaj, Cisę, Drawę i Sawę. Rzeki te mają charakter nizinny, płyną powoli, meandrując, w szerokich (20–30 km) dolinach. Korytom rzek towarzyszą starorzecza i mokradła, które dawniej zajmowały ogromne obszary. Jeziora Niziny mają charakter stepowy – są niewielkie, płytkie, zasolone i wysychają podczas susz. Największe jest Jezioro Białe (węg. Fehér tö) koło Segedyna.
Klimat Wielkiej Niziny Węgierskiej jest umiarkowany, kontynentalny. Wschodnia część Niziny otrzymuje małą ilość opadów, co powoduje susze.