z kościoła romańskiego zachowane mury prezbiterium wraz z apsydą, części murów bocznych, wschodnia para filarów oraz krypta zachodnia, przykryta sklepieniem krzyżowym wspartym na jednym filarze. Krypta ta ma charakter relikwiarzowy, posiada wnękę na relikwiarz, mimo niezaistnienia w Mogilnie żadnego kultu relikwii wczesnośredniowiecznych – stanowi to zagadkę historyczną dotyczącą założeń fundacyjnych pierwszego benedyktyńskiego klasztoru. Z okresu późnogotyckiego pochodzą sklepienia naw, w tym kryształowe w nawach bocznych. Dwuwieżowa fasada zachodnia uzyskała w końcu charakter późnobarokowy. Wyposażenie wnętrza głównie rokokowe. budynek klasztorny – przylegający do kościoła od południa pochodzi częściowo z okresu gotyku i został przebudowany w XVIII w., składa się z trzech skrzydeł otaczających wirydarz na dziedzińcu klasztoru benedyktynów studnia z – najstarsza w Polsce późnogotycki kościół farny św. Jakuba Starszego z ok. 1511, przebudowany w 1839 i 1937 z charakterystyczną dzwonnicą oraz lipą, która została pomnikiem przyrody.