w trakcie swoich rządów Duarte usunął z Sądu Najwyższego sześciu sędziów oskarżonych o korupcję. W czerwcu 2004 roku Oviedo wrócił z Brazylii i został skazany za wykroczenia z 1996 roku (zwolniono go warunkowo w 2007 roku). W 2005 roku rozpoczęła się zbrojna rebelia partyzanckiej Ludowej Armii Paragwaju stworzonej na bazie lewicowej Partii Wyzwolenia Ojczyzny. Walki z partyzantami toczą się do tej pory„The Paraguayan People’s Army:A new rebel group or simple bandits?” (PDF). Friedrich Albert Stiftung.. Wybory przeprowadzone 20 kwietnia 2008 roku dały zwycięstwo byłemu biskupowi Fernando Lugo z centrolewicowej partii Alianza Patriótica para el Cambio, kończąc 62-letnie rządy Partii Czerwonej. W 2009 roku okazało się, iż Lugo dochował się syna, podczas gdy był jeszcze biskupem. Zarzekł się, że dokończy swoją 5-letnią kadencję. Cztery lata później, 22 czerwca 2012 roku po procesie impeachmentu parlament usunął z urzędu Fernando Lugo. Zastąpił go dotychczasowy wiceprezydent Federico Franco. W przyspieszonych wyborach prezydenckich 21 kwietnia 2013 roku zwyciężył kandydat Partii Colorado Horacio Cartes.