11 sierpnia 2005, po objęciu przez Salvę Kiira Mayardita stanowiska Prezydenta Autonomicznego Regionu Sudanu Południowego z powodu śmierci Johna Garanga, zajął urząd wiceprezydenta Autonomicznego Regionu Sudanu Południowego. W wyborach powszechnych w kwietniu 2010 był kandydatem na urząd wiceprezydenta u boku Salvy Kiira Mayardita. Po jego zwycięstwie, 11 czerwca 2010 oficjalnie objął wiceprezydenturę na kolejną kadencję.
Po ogłoszeniu niepodległości przez Sudan Południowy 9 lipca 2011, prezydent Kiir mianował go na stanowisko wiceprezydenta kraju. Machar wywodzący się z plemienia Nuerów, krytykował styl władzy prezentowany przez Kiira, pochodzącego z wrogiego plemienia Dinków. Zarzucił prezydentowi dyktatorskie skłonności, niegospodarność, a także zawłaszczenie państwa przez Dinków. Ogłosił chęć wystartowania w wyborach prezydenckich w 2015.
Aby pozbyć się politycznego konkurenta, prezydent Kiir, 23 lipca 2013 pozbawił Machara stanowiska. Wieczorem 15 grudnia 2013 w Dżubie doszło do nieudanego puczu wojskowego. Według rządzących za wydarzeniami w stolicy, w której doszło do strzelaniny między frakcjami Dinków i Nuerów wchodzących w skład Sił Zbrojnych Sudanu Południowego stał Riek Machar, który zaprzeczył, by chciał dokonać przewrotu.