11 kwietnia 1962 Mets rozegrali pierwszy w historii klubu mecz, przegrywając na wyjeździe 4–11 z St. Louis Cardinals. Dwa lata później zespół wystąpił w roli gospodarza na nowym obiekcie Shea Stadium w Queens.
W 1969 po zwycięstwie w World Series nad Baltimore Orioles Mets zdobyli pierwszy tytuł. Zespół, który wywalczył wówczas mistrzostwo ligi, zyskał przydomek The Amazin’ Mets. W 1986 w World Series Mets w siedmiu meczach pokonali Boston Red Sox, mimo iż w meczu numer sześć byli o jeden strike od przegranej w finałach; przy stanie 4–5 dla Red Sox w drugiej połowie 10. zmiany, po niekontrolowanym narzucie miotacza Red Sox Boba Stanleya, a następnie po uderzeniu zapolowego Mets Mookie Wilsona i błędzie przy pierwszej bazie Billa Bucknera, Mets zdobyli dwa runy i zwyciężyli 6–5, doprowadzając w efekcie do siódmego spotkania, w którym pokonali Red Sox 8–5, ostatecznie wywalczając drugi w historii klubu tytuł mistrzowski. W 2000 roku New York Mets awansowali do finałów, gdzie przegrali 1–4 z New York Yankees;