Ponieważ kanały miały być bardzo głębokie Leonardo oszacował, że potrzeba czternastu robotników, by przenieśli wiadro piachu z dna na górę. Według obliczeń prace trwałyby 54 tys. roboczodni. Rachunki Leonarda stanowią jeden z pierwszych w historii studium efektywności pracy. Aby przyspieszyć realizację zadania, zaprojektował specjalne maszyny, m.in. żuraw do budowy kanału.
Realizacja planów 20 sierpnia 1504 roku zaczęto kopać kanał Arno-Stagno. Zatrudniono ok. 2 tys. robotników. Leonardo nie brał czynnego udziału w pracach. Przebieg prac koordynował inżynier Colombino. Zmodyfikował plan Leonarda, zrezygnował z budowę maszyny dźwigowej. Pracę rozpoczęto od wyburzenia wieży w Fagiano, z której pozyskano materiał na tamę. Leonardo konsultował z Machiavellim błędy popełniane przez kierownika budowy. Machiavelli napisał do inżyniera list, gdzie wyraził swoje zaniepokojenie łożyskiem kanału, które było płytsze od łożyska Arno. Colombino zignorował ostrzeżenie.