W grudniu 1952 pozbawiono wolności, a następnie zmuszono do wyjazdu z Krakowa arcybiskupa Eugeniusza Baziaka, administratora apostolskiego diecezji krakowskiej.
Proces przed Wojskowym Sądem Rejonowym w Krakowie rozpoczął się 21 stycznia 1953. Sąd orzekał w składzie: Mieczysław Widaj (przewodniczący), Roman Waląg (sędzia wotant, pułkownik LWP, od 30 grudnia 1952 do 30 kwietnia 1955 szef WSR w Krakowie) i Bazyli Mielnik (sędzia wotant, podpułkownik LWP, od 5 stycznia 1953 do 30 kwietnia 1955 sędzia WSR w Krakowie). Oskarżał Naczelny Prokurator Wojskowy Stanisław Zarakowski. Rozprawy odbywały się w hali widowiskowej Zakładów Szadkowskiego.
W wyroku ogłoszonym 27 stycznia 1953 uznano oskarżonych za agentów wywiadu amerykańskiego bądź członków siatki szpiegowskiej. Sąd skazał na karę śmierci Edwarda Chachlicę, Michała Kowalika i księdza Józefa Lelitę. Pozostałym oskarżonym wymierzono następujące kary: ks. Franciszek Szymonek – dożywotnie pozbawienie wolności ks. Wit Brzycki, notariusz Kurii metropolitalnej – 15 lat więzienia ks.