Kiedy Cezar wracał do swej prowincji — Galii Przedalpejskiej, by śledzić sytuację w Rzymie, Labienus był głównodowodzącym wojsk rzymskich stacjonujących na terenie Galii. Kiedy Cezar rozpoczął wojnę domową Labienus stanął po stronie Gnejusza Pompejusza Wielkiego. Był jednym z autorów sukcesu Pompejańczyków w starciu z Cezarem pod Dyrrachium (48 p.n.e., obecnie Durres w Albanii). Brał udział w bitwie pod Farsalos jako jeden z głównych doradców Pompejusza znający bardzo dobrze taktykę Cezara (48 p.n.e.). Po przegranej bitwie zbiegł do Afryki. Tu wraz z Kwintusem Cecyliuszem Metellusem (Quintus Caecilius Metellus Pius Scipio) dowodził w bitwie pod Thapsus (46 p.n.e.), gdzie poniósł klęskę. Ponownie ratował się ucieczką przed zemstą Cezara. W Hiszpanii wraz z Gnejuszem Pompejuszem Młodszym przygotował armię (13 legionów) i wyruszył przeciwko legatom Cezara Kwintusowi Fabiuszowi Maksimusowi oraz Kwintusowi Pediuszowi. Podczas bitwy pod Mundą (45 p.n.e.) został zabity przez zwycięskich legionistów Cezara.