Nazwa miejscowości pochodzi od patrona kościoła św. Mikołaja. W miejscu Mikołajek pierwotnie znajdowała się staropruska osada.
Pierwsza wzmianka o miejscowości pochodzi z 1444 r. Od 1466 pod zwierzchnictwem Korony Królestwa Polskiego jako lenno pod zarządem krzyżackim. W 1515 na przesmyku jeziora powstał pierwszy stały most; za przejazd nim pobierano myto, którego część była przekazywana krzyżakom. Przy moście wybudowano dwie karczmy. Przywileje dla karczmarzy zostały odnowione w 1516, byli oni zobowiązani do transportu krzyżackich szat i żywności (każdy wozem dwukonnym) do Rynu i z powrotem. Krzyżacy w Mikołajkach wybudowali dwór i karczmę, posiadali monopol na połów ryb, które eksportowali. Głównym zajęciem mieszkańców były wyrąb drewna i flisactwo, a także tkactwo – Mikołajki słynęły z wyrobu włosianki z krowiej i końskiej sierści, z której szyto mazurskie spódnice.