Wkrótce Mikołajki stały się jedną z najbardziej znanych miejscowości turystyczno-wypoczynkowych w rejonie Wielkich Jezior Mazurskich, zwłaszcza ze względu na doskonałe warunki do uprawiania sportów wodnych. Pod koniec lat 60. FWP prowadził tu dwa ośrodki wypoczynkowe („Złoty Widok” i „Żeglarz”), które w 6 budynkach dysponowały 150 miejscami noclegowymi, a ponadto oferowały dodatkowe ok. 110 miejsc w kwaterach prywatnych. Obiekty posiadały świetlice z bibliotekami i telewizorami, zaś FWP prowadził własną przystań wodną z wypożyczalnią kajaków i łodzi żaglowych „Omega”. Wczasowicze mieli wówczas do dyspozycji w Mikołajkach 2 restauracje, 2 kawiarnie, bar mleczny, 2 lokale taneczne. Funkcjonowało kino, biblioteka, boisko sportowe i kąpielisko miejskie. W latach 1975–1998 miasto administracyjnie należało do województwa suwalskiego.
Działający tu ośrodek radiologiczny po katastrofie elektrowni w Czarnobylu jako pierwszy w Polsce odkrył napływ skażonych mas powietrza znad Czarnobylahttps://sztetl.org.pl/pl/miejscowosci/m/343-mikolajki/96-historia-miejscowosci/68692-historia-miejscowosci. W 2016 (30.