Reszta świata (w tym ONZ) za legalne władze uznawała wygnanego z kraju prezydenta Burhanuddina Rabbaniego i jego rząd.
W ciągu następnych kilkunastu miesięcy talibowie przejęli kontrolę nad północną częścią kraju, zamieszkaną przez Uzbeków i u szczytu potęgi kontrolowali ok. 90% terytorium Afganistanu, dysponując ok. 110 tys. uzbrojonych bojowników. Obszarem, nad którym nie zdołali przejąć kontroli, była północno-wschodnia część państwa, zamieszkana głównie przez Tadżyków, a ich jedynym liczącym się przeciwnikiem był już tylko dowódca wojsk Sojuszu Północnego, Ahmad Szah Masud.
Rządy talibów thumb|Talibowie w Heracie Na kontrolowanych przez siebie terenach talibowie wprowadzili surowe prawo, oparte na najbardziej rygorystycznych interpretacjach szariatu. Kobiety nie mogły uczyć się ani pracować i były zobowiązane do noszenia burki. Mężczyznom talibowie mierzyli brody, by sprawdzić, czy mają one taką samą długość, jak broda proroka Mahometa. Zakazane było m.in. oglądanie telewizji, słuchanie muzyki i korzystanie z Internetu, a także prognozowanie pogody, uznawane przez talibów za formę czarnej magii. Zabroniono też praktykowania wielu innych przejawów aktywności, niepotępianych przez Koran (m.in.