Walka partyzancka Pomimo rozbicia sił talibów, część bojowników tej organizacji przeczekała amerykański atak i, korzystając z warunków terenowych kraju, ukryła się w górach, skąd rozpoczęła walkę partyzancką z afgańskim rządem i oddziałami międzynarodowymi stacjonującymi w Afganistanie. W walce tej odnosili pewne sukcesy, m.in. 6 lipca 2002 zamachowcy zastrzelili w Kabulu wiceprezydenta kraju Hadżiego Abdula Kadira. Od wiosny 2003 nasilały się ataki na wojska międzynarodowe, siły wierne władzom w Kabulu oraz organizacje humanitarne, które musiały zrezygnować z działalności w zdominowanej przez Pasztunów południowo-zachodniej części kraju. Ówcześnie talibowie działali głównie na prowincji, gdzie często kontrolowali duże obszary. Na terenach działania poza walką zbrojną z rządem prowadzili też akcje przeciw wprowadzanym przez władze centralne reformom, które uznawali za sprzeczne z zasadami islamu, np. zabijali nauczycieli uczących w szkołach dla dziewcząt. W 2008 r. liczebność talibów była szacowana na ok. 7–11 tys. uzbrojonych bojowników i bliżej nieokreśloną liczbę ich sympatyków, dostarczających zaopatrzenie i informacje.