W sezonie 2002/2003 Polonia wystąpiła w rozgrywkach Pucharu UEFA. W rundzie wstępnej pokonała maltańską Sliemę Wanderers (3:190minut.pl: Sliema 1:3 Polonia Warszawa, 2:090minut.pl: Polonia Warszawa 2:0 Sliema). W I rundzie odpadła jednak z portugalskim FC Porto (0:690minut.pl: FC Porto 6:0 Polonia Warszawa, 2:090minut.pl: Polonia Warszawa 2:0 FC Porto). Szymanek zagrał we wszystkich tych spotkaniach.
W sezonie 2003/2004 Polonia wzięła udział w rozgrywkach Pucharu Intertoto, jednak odpadła tam już w 1. rundzie po dwumeczu z kazachskim Tobołem Kostanaj (0:390minut.pl: Polonia Warszawa 0:3 Toboł, 1:290minut.pl: Toboł 2:1 Polonia Warszawa). Piłkarz wystąpił tylko w meczu rewanżowym.
Sezon 2005/2006 zakończył się spadkiem Polonii do II ligi. Szymanek zagrał wtedy w 15 meczach ligowych i strzelił 1 bramkę.