Po powstaniu warszawskim kontynuował działalność dydaktyczną w ramach konspiracyjnego Uniwersytetu Poznańskiego, funkcjonującego wówczas w Grodzisku Mazowieckim.
Po wyzwoleniu Warszawy spod okupacji niemieckiej podjął pracę na Uniwersytecie Warszawskim jako kierownik Zakładu Chemii Fizjologicznej Wydziału Lekarskiego i wiosną 1945 r. przeprowadził przewód habilitacyjny. Jesienią tegoż roku przeniósł się do Łodzi, gdzie został powołany na stanowisko profesora i kierownika Zakładu Fizjologii Zwierząt Uniwersytetu Łódzkiego. Równolegle, wraz z żoną Stellą oraz Lilianą Lubińską i Jerzym Konorskim, prowadził intensywne działania celem reaktywacji w Łodzi Instytutu im. Nenckiego, którego został wicedyrektorem, a faktycznie – do czasu powrotu ze Związku Radzieckiego, w 1947 r., Jana Dembowskiego – pełnił obowiązki dyrektora Instytutu. W reaktywowanym Instytucie zorganizował od podstaw Zakład Biochemii. Po przeniesieniu Instytutu im. Nenckiego do Warszawy w połowie lat pięćdziesiątych XX wieku powrócił do stolicy i równolegle z pracą w Instytucie objął w 1956 r. kierownictwo Katedry Fizjologii Zwierząt Uniwersytetu Warszawskiego, którą to funkcję sprawował do 1963 r. W 1961 r. został powołany na stanowisko dyrektora Instytutu im.