Rozkwit gospodarczy miasto zawdzięczało bogatym złożom marmuru, szczególnie cenionego ze względu na kolorystykę (od śnieżnobiałej do szaroniebieskiej). Eksportowano go (głównie w postaci wyrobów) do wielu miejscowości na niemal całym obszarze cesarstwa rzymskiego. Szczyt pomyślności Afrodyzja osiągnęła w II-III wieku n.e.; kryzys dotknął ją wówczas, gdy po upadku państwa zachodniorzymskiego Karia znalazła się w granicach cesarstwa bizantyńskiego i przerwana została wymiana handlowa z Zachodem. Mniejsze znaczenie przywiązywano też wtedy do rozwoju sztuk plastycznych, ponieważ władcy chrześcijańscy wrogo odnosili się do dawnych kultów religijnych (również Afrodyty)Por. Piotr Gruszka: Aphrodisias. Acta Universitatis Wratislaviensis. Antiquitas XIX, Wrocław 1994..
W XI-XIII wieku położona na obszarze strategicznym Karia była co najmniej czterokrotnie okupowana przez Turków Seldżuków, co odnotowali bizantyjscy kronikarze Niketas Choniates i Jerzy Pachymeres. W późniejszym średniowieczu miasto uległo zniszczeniu dokonanemu przez mongolskie wojska Tamerlana (1402). Powstała na jego gruzach wioska Geyre również została zniszczona w wyniku trzęsienia ziemi (1956), jednakże odbudowanie jej w pobliżu umożliwiło prowadzenie planowych i systematycznych prac wykopaliskowych.