Miasto w 1313 roku stało się siedzibą księstwa niemodlińskiego i pozostawało nią do 1460 roku.

W XVIII wieku Niemodlin podlegał inspekcji podatkowej w Prudniku. Od 1779 do końca II wojny światowej miasto należało do hrabiów von Praschma. Głównym źródłem utrzymania mieszkańców w czasach feudalnych było rolnictwo oraz leśnictwo. Na początku XIX wieku powstała w mieście fabryka lin oraz Browar Niemodlin. Od czasu wojen śląskich do 1945 r. miasto należało do Królestwa Prus i od 1871 r. do Cesarstwa Niemieckiego i nosiło nazwę Falkenberg (Falkenberg O.S., O/Schl. itp.); w okresie międzywojennym stacjonował tutaj Batalion Wartowniczy Falkenstein (niem. Wach-Bataillon Falkenstein).

Od 1816 do 1945 Niemodlin był siedzibą starostwa (Landkreis Falkenberg O.S.), po którym pozostała m.in. dawna siedziba (obecnie zajęta przez bank). Miasto było również siedzibą powiatu w okresie powojennym w latach 1946–1975. Po reaktywacji powiatów w 1999 roku, ziemie byłego powiatu włączono do powiatu opolskiego oraz częściowo do powiatów nyskiego i brzeskiego.

Po zakończeniu II wojny światowej Niemodlin znalazł się w granicach Polski.