Szczególne znaczenie, nie tylko dla powstawania gleb, ale dla obiegu materii w przyrodzie mają mikroorganizmy glebowe. Uczestniczą one w znacznej części przemian zachodzących w glebie, spośród których najważniejsza jest ich rola w rozkładzie materii organicznej, doprowadzając w niektórych przypadkach do jej mineralizacji. Dzięki temu uwalniane są do środowiska mineralne związki ważnych dla życia pierwiastków (azot, siarka, fosfor, żelazo, potas i in.), które mogą w tej formie być pobierane przez rośliny. Mikroorganizmy uczestniczą również w procesie powstawania próchnicy glebowej.
Roślinność ma kluczowe znaczenie w procesie tworzenia się gleb. Uczestniczy ona (zwłaszcza głęboko ukorzeniona) w migracji składników pokarmowych z głębszych partii profilu ku górze. Wydzielane przez rośliny jony i substancje chemiczne mają wpływ na biologiczne i chemiczne procesy zachodzące w ekosystemie. Zarówno powierzchniowe części roślin, jak i korzenie ulegając rozkładowi wzbogacają glebę w związki próchniczne i uwolnione składniki pokarmowe. Dodatkową rolą roślinności jest ochrona agregatów przed rozbijaniem a materiału glebowego przed erozją.