Następnie został przesunięty do zespołu rezerw. Drugą szansę na pokazanie swoich umiejętności dostał jesienią 2004 roku. W sezonie 2005/06 Weidenfeller został chwalony za dobrą postawę. Przez kibiców, został wybrany zarówno w marcu, jak i w maju Graczem Miesiąca. Na początku sezonu 2007/2008 musiał pauzować w trzech spotkaniach oraz zapłacić 10 tysięcy euro grzywny. Była to kara za rasistowskie okrzyki pod adresem czarnoskórego napastnika Schalke 04 Gelsenkirchen, Geralda Asamoaha. Weidenfeller oferował później oficjalne przeprosiny w mediach, ale ta propozycja została odrzucona przez samego poszkodowanego.
W sezonie 2010/11 został mistrzem kraju. Ten sam sukces powtórzył rok później. W rozgrywkach Ligi Mistrzów 2012/13 został wybrany najlepszym bramkarzem turnieju. Zagrał we wszystkich meczach grupowych. W półfinale zagrał przeciwko Realowi Madryt, gdzie w pierwszym meczu Borussia wygrała 4:1, a Weidenfellera pokonał Cristiano Ronaldo. W meczu rewanżowym BVB przegrało 2-0, ale forma Weidenfellera była prezentowana na bardzo wysokim poziomie. Wystąpił on w finale Ligi Mistrzów przeciwko Bayernowi Monachium, gdzie Borussia uległa 1:2.