W przypadku uwzględnienia zażalenia protokół zeznań świadka anonimowego ulega zniszczeniu. W razie uprawomocnienia się postanowienia dane osobowe świadka i inne dane, które mogą doprowadzić do ustalenia tożsamości świadka, są chronione jako ściśle tajne. Oskarżony i obrońca mogą zapoznać się tylko z wyciągiem z protokołu przesłuchania świadka, który nie zawiera ani danych świadka, ani tych fragmentów jego zeznań, których ujawnienie może zdekonspirować świadka.
W celu zapewnienia bezpieczeństwa świadka anonimowego przesłuchanie może odbyć się w formie wideokonferencji, z zastosowaniem aparatury zmieniającej wizerunek i głos zeznającego.
W przypadku świadomego złożenia przez świadka anonimowego fałszywych zeznań, prokurator w postępowaniu przygotowawczym, a sąd w postępowaniu sądowym, może uchylić postanowienie o zachowaniu w tajemnicy okoliczności umożliwiających ujawnienie tożsamości świadka, w tym danych osobowych. Protokół przesłuchania świadka podlega wówczas ujawnieniu w całości.