Po powstaniu 14 marca 1939 r. samodzielnego państwa słowackiego, otrzymała status oficjalnej policji państwowej, a jej zadaniem było zapewnienie bezpieczeństwa wewnętrznego. Od 15 marca nowym komendantem był Alexander Mach. Decyzją władz z 5 września 1939 r. znacznie poszerzono zakres i kompetencje Gwardii. Jednocześnie organizacja ta wraz z siostrzanymi organizacjami objęła obowiązkową przynależnością wszystkich obywateli płci męskiej w wieku od 6 do 60 lat. Na skutek masowych protestów ludności 21 grudnia tego roku Gwardia została przekształcona w paramilitarną organizację, w której członkostwo formalnie było dobrowolne. Ostatecznie zasady działania i kompetencje Gwardii Hlinki określiła ustawa z 5 lipca 1940 r.
Największą liczebność Gwardia miała w pierwszym okresie działalności, kiedy formacja liczyła ok. 100 tys. ludzi. Jednakże do końca 1943 r. liczba ta spadła do niecałego 1 tys.