W 1847 przeniesiony został do Konstantynowa, a 10 lat później został dziekanem łosickim.
16 marca 1862 z powodu choroby biskupa Jana Teraszewicza został mianowany jego zastępcą i koadiutorem w diecezji chełmsko-bełskiej. Rok później, po śmierci poprzednika, 26 marca 1863 objął urząd, ale ze względu na sprzeciw władz nigdy nie został konsekrowany. Głównym oponentem święceń biskupich był książę Władimir Czerkasski, który miał za złe Janowi Kalińskiemu stosowanie języka polskiego w nauczaniu kleryków seminarium duchownego, uważał go za polskiego spiskowca i "papistę". Ponadto Kaliński zdecydowanie sprzeciwiał się próbie podporządkowania diecezji chełmsko-bełskiej Rosyjskiej Cerkwi Prawosławnej, która wymuszała delatynizację obrzędów unickich i unifikację liturgii z liturgią prawosławną. Był zwolennikiem polskiego charakteru diecezji. Pozbawił urzędu Józefa Wójcickiego, który był zwolennikiem jej rusyfikacji. Za tę decyzję został upomniany i ukarany finansowo przez namiestnika Konstantyna Romanowa. Nie bez znaczenia było również osobiste zaangażowanie Kalińskiego w powstanie styczniowe wyrażane przez nabożeństwa i publiczne dowody sympatii wobec powstańców.