W sezonie 2002/2003 zespół awansował do I ligi.
W 2007 po uzyskaniu materiałów z prowadzonego przez wydział przestępczości zorganizowanej Prokuratury Okręgowej we Wrocławiu śledztwa w sprawie afery korupcyjnej Wydział Dyscypliny PZPN wszczął postępowanie dyscyplinarne wobec sześciu polskich klubów piłkarskich, w tym Górnika Łęczna, i zawiesił klub na miesiąc. Decyzją WD PZPN z 12 kwietnia 2007 Górnik Łęczna za ustawienie 20 meczów od sezonu 2007/08 miał zostać zdegradowany "o dwie klasy rozgrywek", zapłacić karę pieniężną i następny sezon rozpocząć z 10 punktami ujemnymi. Komisja Odwoławcza PZPN uchyliła decyzję WD PZPN o zawieszeniu Górnika Łęczna oraz walkowerze przyznanym Wiśle Płock za nierozegrane w związku z zawieszeniem spotkanie. Związkowy Trybunał Piłkarski rozpatrzył odwołanie zarządu klubu, podtrzymując wymierzoną przez WD karę degradacji o dwie klasy rozgrywkowe, jednocześnie zmniejszając karę finansową (z 270 tys. do 70 tys. zł) i punktową (do minus sześciu punktów na starcie nowego sezonu).
24 maja 2014 po wygranym meczu z Olimpią Grudziądz na 2 kolejki przed końcem rozgrywek I ligi, zespół z Łęcznej po 7 latach wrócił do najwyższej klasy rozgrywkowej w Polsce – T-Mobile Ekstraklasy.