9,5% powierzchni dna jeziora, roślinność zanurzona zajmuje 25% powierzchni dna.
Roślinność wynurzona, zdominowana przez trzcinę, pałkę wąskolistną i sitowie, występowała u wszystkich brzegów, tworząc większe skupiska przy wyspach i brzegach zachodnich; roślinność zanurzona to głównie ramienice, moczarka kanadyjska, jaskier krążkolistny, rzęsa trójrowkowa i rdestnice.
Dane morfometryczne jeziora: powierzchnia: 1896 ha długość maksymalna: 8,5 km szerokość maksymalna: 3 km głębokość maksymalna: 25 m
Najbliższe miejscowości to Giżycko, Pierkunowo, Piękna Góra, Guty.
Jezioro można podzielić na trzy główne części. Północna kończy się szerokim przejściem na jezioro Dargin pomiędzy Królewskim Rogiem i Fuledzkim Rogiem. W południowej części jeziora występują liczne wyspy (m.in. Duży Ostrów, Górny Ostrów, Sosnowy Ostrów, Wielka Kiermuza), na których gniazdują rzadkie gatunki ptaków (m.in. bocian czarny, czapla siwa, łabędzie (np. łabędź niemy), łyska, perkoz). Wszystkie wyspy na Kisajnie są objęte rezerwatem przyrody i nie wolno do nich przybijać. Wyspy rozdzielają południową część jeziora na dwie różne części. Część wschodnia to szeroki szlak żeglowny, a część zachodnia to wąskie przejścia, zarośnięte trzciną płycizny i kilka bindug.