Praca naukowo-dydaktyczna Profesor Juliusz Chojnacki specjalizuje się w zakresie ekologii zooplanktonu morskiego, dynamiki jego struktur i ich funkcjonowania, zoobentosu na sztucznych podłożach wstrefie przybrzeżnej morza. Wprowadził i monitoruje pierwszą sztuczną rafę na Zatoce Pomorskiej jako medium do rewitalizacji wód morskichJuliusz Chojnacki. [W:] „50 lat Wydziału Rybactwa Morskiego i Technologii Żywności”. Akademia Rolnicza w Szczecinie Szczecin 2001, s. 85–86. ISBN 83-909186-6-8.. W 1975 brał udział jako planktolog w pierwszej polskiej wyprawie naukowej (tzw. ‘krylowej’) Inst. Ekol. PAN na wody Antarktyki na pokładzie statku „Profesor Siedlecki”Krystyna Pohl. Jedziemy na Antarktykę. „Głos Szczeciński” z 9 listopada 2004 (dostęp 2024-07-16).. W 1977 był kierownikiem wyprawy oceanobiologów w II polskiej ekspedycji do Stacji im. H. Arctowskiego na wyspie King George.
Wypromował 12 doktorów i ponad 200 magistrów i inżynierów. Opublikował 326 prac naukowych, w tym 6 podręczników akademickich. Od 2014 przebywa na emeryturze.