W swoich zeznaniach w Międzynarodowym Trybunale Sprawiedliwości Vojislav Šešelj twierdził, iż Radovan Karadžić popierał kandydaturę Plavšić na prezydenta Republiki Bośni, gdyż w swoich poglądach nacjonalistycznych była jeszcze bardziej radykalna, niż on samInternational Criminal Tribunal for the former Yugoslavia.. W odróżnieniu jednak od innych nacjonalistycznych polityków serbskich działających w Bośni poparła układ w Dayton.
W 1996 została wybrana prezydentem Republiki Serbskiej, zmieniając polityczną postawę i deklarując od tej pory bardziej umiarkowane poglądy. Zyskało jej to poparcie krajów Europy Zachodniej, lecz przyczyniło się do porażki wyborczej w 1998. Z polityki wycofała się ostatecznie ok. 2000.
W styczniu 2001 roku oddała się dobrowolnie do dyspozycji trybunału w Hadze, który oskarżył ją o zbrodnie przeciwko ludzkości: prześladowania ze względów politycznych, rasowych lub religijnych popełnione na bośniackich muzułmanach oraz Chorwatach w 37 miejscach, poparcie i współudział w kampanii rozdzielenia etnicznego poprzez sprowadzanie z Serbii oddziałów paramilitarnychCase Information Sheet.. Pierwszego dnia procesu, 11 stycznia 2001, nie przyznawała się do winy. Ostatecznie 2 października 2002 zadeklarowała, iż brała udział w prześladowaniu bośniackich muzułmanów.