Rycerze podzielili obronę na kilka części, powierzając poszczególne odcinki różnym dowódcom. Strony północno-zachodniej miasta bronili rycerze francuscy, dalej znajdowali się Niemcy, Hiszpanie, Anglicy i Prowansalczycy. Południowo-wschodniego odcinka obrony strzegli Włosi. Łącznie w mieście znajdować się miało 180 odłamów zakonu rycerskiego w sile kilku tysięcy ludzi. Głównym dowódcą obrony miasta był wielki mistrz Filip de Villiers de L' Isle Adam.
Pierwsze szturmy thumb|right|250px|Bombarda joannitów z Rodos, 1480-1500. Jest to największa znana bombarda, jaka została stworzona. Wystrzeliwała granitowe kule o masie 260 kg, sama ważyła 3 325 kg. Znajduje się w zbiorach Musée de l'Armée. Artyleria osmańska rozpoczęła ostrzał miasta z trzech stron. 28 czerwca sułtan Osmanów Sulejman I przybył na wyspę, aby przejąć osobiście dowodzenie nad swoimi wojskami. Potężna kanonada z dział, stopniowo wyrządzała w miejskich murach coraz większe szkody. Ponawiane tygodniami kolejne szturmy, z wielkim trudem odpierane były przez obrońców, zadających mimo to dotkliwe straty Turkom.