Zniszczenia wojenne doprowadziły księstwo na skraj ruiny finansowej. Kolejny biskup, Maksymilian Fryderyk z Königsegg-Rottenfels (1761-84) także był elektorem Kolonii. Oceniany jest jako władca słaby, choć mający dobrą wolę. Na szczęście zrezygnował z rządów nad diecezją na rzecz młodego kanonika katedralnego Franza Friedricha Wilhelma von Fürstenberga, który okazał się znakomitym administratorem, dzięki czemu księstwo znalazło się w okresie niespotykanego w swych dziejach rozwoju. Jednak podczas elekcji von Fürstenberg pokonany został przez elektora Kolonii Maksymiliana Franciszka Austriackiego (1774-1801), który okazał się być ostatnim księciem-biskupem Münsteru w historii. Wkrótce po śmierci Maksymiliana Franciszka na księcia-biskupa wybrany został arcyksiążę Antoni Wiktor, jednak nie mógł objąć władzy nad księstwem ze względu na stanowisko Prus, zmierzających do zawładnięcia majątkami Kościoła w północnych Niemczech.
W roku 1803 liczące wówczas 310 tys. mieszkańców księstwo przestało istnieć z powodu decyzji cesarskiej o sekularyzacji biskupstwa i podziale jego ziem na liczne części.