Mimo wezwań nie poprowadził podburzonych chłopów do zajętego przez powstańców Czorsztyna.
Po ujęciu Napierskiego zbiegł, po powrocie do Pcimia, został na początku lipca aresztowany. Więziono go w Krakowie, wpierw w dworze biskupim, potem w wieży zamkowej. Akt oskarżenia napisał instygator Grzegorz Tokarski, tytułując Radockiego:honestus magister seu rector scholae Pcimensis. Śledztwo miał przeprowadzić Szymon Narowski, a obrońcami zostali Klemens Paczkowski, Andrzej Ulatowski i Stefan Ulejski. Radocki twierdził, że jako były kapłan powinien być sądzony przez sąd biskupi, jednak sąd grodzki pod przewodnictwem Hieronima Śmietanki odrzucił ten protest, stwierdzając, że zawierając przed laty małżeństwo, porzucił stan duchowny i ma dorosłe dzieci. 8 lipca sąd wyraził zgodę na stosowanie tortur. Wyrokiem z 11 lipca 1651 sąd skazał Radockiego na śmierć przez ścięcie głowy mieczem i wystawienie jej na palu. W więzieniu sporządził testament na rzecz syna Waleriana. Wyrok wykonano 18 lipca na górze Lasota w Krzemionkach za Kazimierzem koło Krakowa, został stracony razem z Napierskim i Stanisławem Łętowskim. Jego głowę przybito do szubienicy, razem z innymi hersztami. Jego syn, który był wówczas organistą biskupim, uzyskał zgodę na pochówek ojca. Marcin Radocki został pochowany na cmentarzu przy kościele św.