Filogeneza Pozycja systematyczna herrerazaura do dziś pozostaje przedmiotem sporów. Klasyfikowano go m.in. jako karnozauraReig, O. A. (1963) "La presencia de dinosaurios saurisquios en los "Estratos de Ischigualasto" (Mesotriásico Superior) de las provincias de San Juan y La Rioja (República Argentina)." Ameghiniana 3: 3-20, bazalnego teropoda, prymitywnego zauropodomorfa, bazalnego dinozaura gadziomiednicznego, a nawet wyłączano z dinozaurów. Obecnie większość naukowców uważa go bądź za bazalnego teropodaSereno, P. C. (1999) "The evolution of dinosaurs." Science 284:2137-2147Rauhut, O. W. M. (2003) "The interrelationships and evolution of basal theropod dinosaurs." Special Papers in Palaeontology 69:1-213, bądź za bazalnego dinozaura gadziomiednicznegoLanger, M. C. (2004) "Basal Saurischia." Pp. 25–46 in Weishampel, D.B., Dodson, P., and Osmólska, H. (eds.). The Dinosauria, Second Edition. University of California Press, Berkeley, 861 pp.Langer, M. C. & Benton, M. J. (2006) "Early dinosaurs: a phylogenetic study." Journal of Systematic Palaeontology 4(4):309-358 DOI:10.1017/S1477201906001970Ezcurra, M. D.