Uczony zaznacza, że wiele zawdzięcza ojcu. Mimo inżynierskiego zawodu był on też humanistą, artystą malarzem, poliglotą oraz intelektualistą katolickim. To stanowiło dla syna wzór wszechstronności i interdyscyplinarności. Kazimierz Heller miał w czasach międzywojennych kontakt z myślą neopozytywistyczną propagowaną przez Koło Wiedeńskie, z którym się jednak nie zgadzał. Podobny krytycyzm do tego nurtu widać u Michała Hellera. Ojciec mówił młodemu Michałowi o potrzebie duszpasterzy dla inteligencji.
Po wybuchu II wojny światowej rodzina Hellerów uciekła do Lwowa. W 1940 roku została stamtąd wysiedlona przez radzieckie władze na wschodnią Syberię. Wywieziono ich do Jakucji, w okolice Ałdanu, do obozu pracy przy wyrębie tajgi. Zostali potem uwolnieni, ale w latach 1941–1942 cierpieli głód. W 1944 zostali przesiedleni na południe Rosji, niedaleko Wołgi – do Urbachu w okolicach Saratowa. Heller poznał tam język rosyjski, w którym pozostał biegły przez całe życie. Siostra Michała, Maria Mierzyńska z d. Heller, opisała zesłanie ich rodziny w książce Nie pytajcie dlaczego.
Po powrocie do Polski (1946) podjął naukę w IV Liceum Ogólnokształcącym w Tarnowie. W 1953 roku zdał tam maturę.