W 2000 został pierwszym dziekanem Wydziału Teologicznego w Tarnowie. W 2008 roku jako pierwszy Polak został laureatem Nagrody Templetona, przyznawanej za pokonywanie barier między nauką a religią. Jednym z powodów przyznania miał być m.in. wzorowo przygotowany wniosek. Uroczystość wręczenia przez księcia Filipa odbyła się w Londynie 7 maja, dwa miesiące po ogłoszeniu. Dzięki nagrodzie został fundatorem i dyrektorem Centrum Kopernika Badań Interdyscyplinarnych (UPJP2-UJ), pod którego auspicjami działa też Copernicus Center Press.
W latach 1982–2007 kierował 21 przewodami doktorskimi, głównie z kosmologii i z filozofii nauki. Jego doktorantami byli m.in. Marek Biesiada (1991), Michał Kokowski (1997) i Tadeusz Pabjan (2007). Jego uczniami, współpracownikami i kontynuatorami są też m.in. Wojciech Grygiel i Bartosz Brożek.
Życie prywatne Michał Heller interesuje się lotnictwem oraz komputerowymi symulatorami lotów. Wakacje chętnie spędza na wędrówkach górskich. Lubi czytać kryminały. Unika gier umysłowych jak szachy i brydż.
Po otrzymaniu Nagrody Templetona w 2008 roku nadeszła męcząca fala wywiadów, wykładów i spotkań. Michał Heller doznał wtedy zawału serca.