Wayne jednak odmawia; wtedy dowiaduje się, że został wybrany do poprowadzenia członków ligi na Gotham i nie ma już odwrotu. Wtedy Bruce zabija przywódcę „Ra’s al Ghula” i niszczy siedzibę ligi oraz ratuje swojego trenera od upadku z urwiska.
Wayne wraca do zapuszczonego Gotham City i postanawia odmienić jego oblicze. Poznaje tam wynalazcę, Luciusa Foxa, którego odkrycia przyczyniają się do przemiany w Batmana i pokonania odwiecznego strachu przed nietoperzami. Spotyka tam także swoją przyjaciółkę z dzieciństwa, która teraz jest panią prokurator, próbującą zrobić coś ze swoim miastem. Z pomocą Rachel, Luciusa, Jima Gordona i lokaja Alfreda staje się Batmanem i po walce ze zwyczajnymi bandytami staje do walki z obłąkanym Jonathanem Crane, który za pomocą maski i trującego gazu staje się złoczyńcą o pseudonimie Strach na Wróble. Gdy go pokonuje, okazuje się, że Crane był tylko czyimś sługą. Tym kimś okazuje się prawdziwy Ra’s al Ghul, którym jest Ducard, gdyż tamten zabity w siedzibie Ligi Cieni był tylko dublerem. Wraz ze swoimi pomocnikami chce zniszczyć Gotham City. W dodatku Crane truje Rachel. Jim Gordon szuka odtrutki, ponieważ za pomocą tej trucizny al Ghul zamierza zniszczyć Gotham City. Ostatecznie Ra’s al Ghul ginie w wybuchu pociągu, a Strach na Wróble trafia do psychiatryka Arkham.