Sezon 2008/2009 6 lipca 2008 zwyciężył w zawodach z cyklu Letniego Pucharu Kontynentalnego w słoweńskim Kranju. Osiągnął dobre rezultaty w Letnim Grand Prix 2008: w konkursie w Zakopanem, rozgrywanym 30 sierpnia, zajął 7. pozycję, w trzech innych zajmował miejsca w drugiej dziesiątce. W klasyfikacji generalnej uplasował się na 17. pozycji z dorobkiem 104 punktów.
Dwukrotnie wystąpił w zawodach Pucharu Świata 2008/2009, odpadając w pierwszej serii zawodów. Wystartował na Mistrzostwach Świata Juniorów 2009 w Szczyrbskim Jeziorze. 5 lutego zdobył srebrny medal indywidualnie, przegrywając jedynie z Lukasem Müllerem. Dzień później reprezentacja Polski z Kotem w składzie zdobyła brązowy medal. W kolejnych tygodniach wziął udział w Mistrzostwach Świata w Narciarstwie Klasycznym 2009 w Libercu. W zawodach indywidualnych na skoczni normalnej zajął 45. pozycję. W pozostałych konkursach nie wystąpił.
Sezon 2009/2010 W Letnim Grand Prix 2009 Kot osiągnął wyniki słabsze niż w poprzednich latach. Najwyższym miejscem, jakie zajął, było 26. z Hakuby. Zimą startował głównie w zawodach Pucharu Kontynentalnego. Dwa razy stanął w nich na podium: był drugi w Sapporo i Zakopanem. Tylko raz w całym sezonie wystąpił w konkursie Pucharu Świata: 17 stycznia 2010 był 35. w Sapporo.