W sezonie 2011/2012 Pucharu Świata po czterech latach nieudanych prób po raz pierwszy zdobył punkty tego cyklu. 3 grudnia 2011 zajął 19. miejsce na skoczni w Lillehammer. Ostatecznie w trzydziestce znalazł się tamtej zimy dwanaście razy, najlepszy wynik – 12. miejsce – uzyskując dwukrotnie: 4 marca w Lahti i 11 marca w Oslo. W klasyfikacji generalnej Pucharu Świata znalazł się na 35. pozycji, co było trzecim wynikiem wśród Polaków. 15 marca 2012 na Letalnicy w Planicy ustanowił swój rekord życiowy w długości skoku, uzyskując 200,5 metra.
Sezon 2012/2013 thumb|200px|Kot podczas Mistrzostw Świata w Narciarstwie Klasycznym 2013 21 lipca 2012 podczas konkursu Letniego Grand Prix w Wiśle na skoczni im. Adama Małysza Maciej Kot po raz pierwszy stanął na najwyższym podium w zawodach tej rangi, wyprzedzając Simona Ammanna i Wolfganga Loitzla. 30 września 2012 w Hinzenbach ponownie został zwycięzcą zawodów LGP, przed drugim Severinem Freundem i trzecim Taku Takeuchi. Kot był najwyżej sklasyfikowanym reprezentantem Polski w Letnim Grand Prix 2012 – w klasyfikacji generalnej zajął piąte miejsce.