Przegląd literatury dokonany w roku 2002 wykazał brak dowodów ma fakt, że komercyjna uprawa kukurydzy Bt na duża skalę może mieć negatywny wpływ na populację monarchy. Chociaż insektycydy stosowane w uprawie kukurydzy maja prawdopodobnie bardziej negatywny wpływ na larwy motyla niż odmiana Bt to ryzyko negatywnego wpływu modyfikowanych nie zostało dokładnie ocenione.
Powstanie odporności u szkodliwych owadów Korzyści z uprawy kukurydzy Bt mogą zostać utracone jeżeli zwalczane szkodniki w wyniku ewolucji uodpornią się na białko Cry. W celu wyeliminowania tej możliwości stosowana jest strategia wysokich dawek i ostoi (ang. high-dose/refuge strategy), polegającą na zapewnianiu odpowiednio wysokiego stężenia toksyny w modyfikowanych odmianach oraz zapewnieniu przestrzeni bez modyfikowanych upraw, które zapewnią przetrwanie populacjom owadów wrażliwych na toksynę. Strategia może zawieść, gdyż w wyniku krzyżowania odmian Bt z odmianami klasycznymi powstają rośliny o niższej zawartości białka Cry, w których prawdopodobieństwo selekcji owadów o pewnym stopniu odporności na toksynę jest wyższe.