Knapińskiego do Komisji Historycznej, a dwa lata później do Komisji dla Badań w Zakresie Historii Literatury i Oświaty w Polsce i do komitetu wydawniczego „Biblioteki Pisarzy Polskich”. W latach akademickich 1889/90, 1893/94, 1901/02 i 1906/07 był dziekanem Wydziału Teologicznego, a w 1897 roku został jednogłośnie wybrany rektorem Uniwersytetu Jagiellońskiego. Na uczelni był kuratorem Bratniej Pomocy. Jako poseł wirylista zasiadał w ławach VII kadencji Sejmu Krajowego Galicji.
Jako publicysta szczególnie zajmował się sytuacją Kościoła Katolickiego pod zaborem rosyjskim i często pisał o niej na łamach „Dziennika Poznańskiego” i „Kuriera Poznańskiego” oraz innych gazet i czasopism. Jak podaje Czesław Lechicki, autor biogramu ks. Knapińskiego w „Polskim Słowniku Biograficznym”, istnieje 66 odbitek jego artykułów na ten temat. Autor pracy – „Sprawa o kościół w Ostrogu na Wołyniu” (Lwów 1892, wyd. 2 – Biały Dunajec – Ostróg 2000) – głos w obronie katolików obrządku łacińskiego na Wołyniu i zarazem piękne świadectwem ich przywiązania do Kościoła Powszechnego. Oprócz tego ks. Knapiński jest m.in. autorem obszerniejszych artykułów: „List do pewnego kapłana katolickiego” (Kraków 1893), „O krzyżach pod rządem rosyjskim” (Poznań 1893). Ks.