Ostatni wojskowego samolotu z lotniska (był to MIG-21) nastąpił w maju 1999 roku, a w grudniu tego roku rozwiązano Bazę Statków Powietrznych.
Lotnisko cywilne W 1964 roku oddano na lotnisku nowy pas startowy, z którego odbył się pierwszy lot samolotu pasażerskiego. Regularne loty zainaugurowano 6 października 1966 roku, kiedy PLL „LOT” uruchomił połączenie z Warszawą. W 1969 roku, na udostępnionej przez wojsko 11-hektarowej działce, zbudowano pierwszy terminal pasażerski. Przez następnych kilka lat loty pasażerskie korzystały z infrastruktury wojskowej. Koegzystencja ta trwała do początku 2000 roku (równolegle funkcjonowało lotnisko cywilne i wojskowe), po czym lotnisko przeszło pod zarząd cywilny. 1 maja 1994 roku otwarto Przejście graniczne Katowice-Pyrzowice i GPK SG w Katowicach-Pyrzowicach (przekształcona na PSG w Katowicach-Pyrzowicach), kiedy to pyrzowickie lotnisko uzyskało status międzynarodowego portu lotniczego. Od 1 stycznia 2009 roku lotnisko również używa umiędzynarodowionej anglojęzycznej marki Katowice Airport.