II wojna światowa Mnisi wrócili do klasztoru z Włoch samowolnie w maju 1940, krótko po kampanii niemieckiej we Francji a przed rozejmem w Compiègne. 29 maja 1940 pierwsi zakonnicy pojawili się w Grande Charteuse, by w swoistym interregnum podjąć próbę odzyskania klasztoru, który pełnił wówczas między innymi role szpitalne. Ustawa rządu Vichy z 21 lutego 1941 r. przyznała kartuzom pozytywny status prawny we Francji i ponownie zalegalizowała ich prawa do części nieruchomości. Umowa z 11 marca 1941 r. z rządem kolaboracyjnym Francji pozwoliła na szybką renowację budynków. Na podstawie ustaleń zawartych w tamtym czasie gmina po dziś dzień wynajmuje budynki państwu francuskiemu za niski czynsz.
Od 1947 r. Grande Chartreuse zaczęła regularnie gościć kapitułę generalną co dwa lata – w miejscu, które sami członkowie zgromadzenia nazywają „matką i źródłem całego zakonu”.