Na mistrzostwach świata juniorów w Malles Venosta w lutym tego samego roku zdobyła trzy złote medale: w biegu na 5 km klasykiem, na 10 km stylem dowolnym oraz w sztafecie.
2008/2009 Sezon 2008/2009 zaczęła od zajęcia czwartego miejsca 22 listopada w Gällivare w biegu na 10 km stylem dowolnym. Na podium stanęła już w swoim trzecim starcie, 6 grudnia w La Clusaz, gdzie była trzecia w biegu na 15 km techniką dowolną, plasując się za Steirą i Saarinen. W sześciu z siedmiu etapów trzeciej edycji Tour de Ski zdobywała punkty, raz zajmując miejsce na podium - 4 stycznia 2009 roku wygrała podbieg na Alpe Cermis, wyprzedzając Steirę i Wałentynę Szewczeko z Ukrainy. W klasyfikacji końcowej TdS zajęła szóste miejsce, co było najlepszym wynikiem spośród reprezentantek Norwegii. W pozostałych pucharowych startach jej największym osiągnięciem było drugie miejsce w zawodach Finału Pucharu Świata w Sztokholmie i Falun, gdzie lepsza była tylko Justyna Kowalczyk. W klasyfikacji generalnej Johaug była ósma, a w klasyfikacji dystansowej zajęła siódme miejsce. Podczas mistrzostw świata w Libercu w lutym 2009 roku nie zdobyła żadnego medalu.