2013/2014 Sezon 2013/2014 rozpoczęła od zajęcia 20. miejsce w pierwszym etapie Ruka Triple, rozegranym 29 listropada 2013 - sprincie techniką klasyczną. Następnego dnia była trzecia w biegu na 5 km klasykiem. Do biegu pościgowego ruszyła około 50 s po liderce, Justynie Kowalczyk. Współpracując z Charlotte Kallą dogoniła Kowalczyk i Bjørgen. Ostatecznie zajęła trzecie miejsce w cyklu, na finiszu przegrywając walkę z Kallą i Bjørgen. Do tego miała drugi czas biegu za Szwedką. Tydzień później była czwarta w biegu na 10 km klasykiem w Lillehammer. W Davos zajęła drugie miejsce w biegu na 15 km stylem dowolną, przegrywając jedynie z Bjørgen. Nie wystartowała w sprintach w Davos i w Asiago. Wróciła na ósmą edycję Tour de Ski. Jeszcze przed jego rozpoczęciem organizatorzy z powodu braku śniegu zmienili program imprezy (zamiast biegu na 10 km klasykiem w Oberhofie odbył się sprint łyżwą), przez co z zawodów wycofała się jedna z głównych faworytek imprezy, Justyna Kowalczyk. W prologu Johaug zajęła 11. miejsce, w sprintach łyżwą była 7. w Oberhofie i 24. w Lenzerheide. Po sprincie w Lenzerheide, 31 grudnia 2013, wycofała się kolejna faworytka i rywalka Johaug, Marit Bjørgen. W biegu na 10 km klasykiem 1 stycznia w Lenzerheide była trzecia, dzięki czemu znacznie awansowała w klasyfikacji cyklu.