Cały czas uczestniczył też w lotach bojowych w celu rozpoznania lub bombardowania ukraińskich pozycji (w listopadzie, do zakończenia walk w samym Lwowie, wykonał aż 28 lotów bojowych – najwięcej spośród lwowskich pilotów).
W toku dalszych działań wojennych przeciw Ukraińcom, a następnie (w 1920) przeciw bolszewikom, Bastyr awansowany do stopnia kapitana był dowódcą III Grupy Lotniczej, przekształconej następnie w 3 dywizjon lotniczy. Objął ponadto stanowisko szefa lotnictwa 6 Armii.
Stefan Bastyr zginął 6 sierpnia 1920 w katastrofie lotniczej na lotnisku Lewandówka pod Lwowem, lecąc nowym jednoosobowym myśliwcem Fokker D.VII, który chciał wypróbować. Przyczyna wypadku nie została w pełni wyjaśniona, lecz prawdopodobnie było nią zasłabnięcie przy sterach z powodu choroby serca, na którą cierpiał on od pewnego czasu. Został pochowany na Cmentarzu Obrońców Lwowa w kwaterze dowódców, poniżej katakumb. W okresie Ukraińskiej SRR w trakcie profanacji i zrównywania z ziemią Cmentarza Obrońców Lwowa Maria Tereszczakówna (polska działaczka społeczna) wraz z grupą kilku innych osób, w celu ratowania szczątków polskich bohaterów pochowanych na tym cmentarzu przeniosła kilka ciał zasłużonych Polaków (oprócz Stefana Bastyra m.in. gen. Tadeusza Jordan-Rozwadowskiego, gen.