Od 17 września 1939, po agresji ZSRR na Polskę, dowodził zaciętymi walkami pozycyjnymi i odwrotowymi pułku KOP „Sarny” z atakującą Armią Czerwoną, w składzie zgrupowania Korpusu Obrony Pogranicza gen. Wilhelma Orlik-Rückemanna. Po bitwie pod Kockiem nie poszedł do niewoli, lecz rozpoczął działalność konspiracyjną.

W listopadzie 1939 mianowany został zastępcą płk Janusza Gaładyka, komendanta Okręgu SZP w Wilnie. W grudniu tego roku wyznaczony został na stanowisko komendanta Okręgu Wilno Związku Walki Zbrojnej. W konspiracji działał pod pseudonimami „Ładyna”, „Jodko”, „Jod”, „Karol”, „Sarnowski”. 13 kwietnia 1941 r. został aresztowany przez NKWD. Więziony do sierpnia 1941 r. Uwolniony w wyniku układu Sikorski-Majski wstąpił do tworzonych w ZSRR oddziałów Polskich Sił Zbrojnych w ZSRR (Armii Andersa). thumb|left| Wizyta Naczelnego Wodza gen. Kazimierza Sosnkowskiego na froncie włoskim;